Né à Siebnen (Schwyz) en décembre 1929, Werner Düggelin découvre le théâtre au Schauspielhaus de Zurich, où il est engagé comme éclairagiste à l'âge de 19 ans. Trois ans plus tard, sur conseil du metteur en scène Leopold Lindtberg, Düggelin se rend à Paris, où il y fonde la Compagnie des Sept. Ensuite il fréquente l'école de théâtre de Roger Blin, qu’en 1953 lui donne l’opportunité de l’assister dans le cadre de la création d’En attendant Godot de Samuel Beckett. Düggelin est l'un des premiers metteurs en scène germanophones à proposer des pièces de Samuel Beckett, Eugène Ionesco, Georges Schehadé, Albert Camus, Jean Genet et Paul Claudel en allemand.
Après ses années parisiennes, il est engagé au Landestheater Darmstadt. En peu de temps, il devient l’un des metteurs en scène de théâtre et d'opéra les plus recherchés, notamment au Théâtre Schiller de Berlin, au Stattschauspiel bavarois de Munich, au Deutsches Schauspielhaus de Hambourg et au Burgtheater de Vienne et au Festival de Salzbourg.
En 1968 il est engagé à Bâle. Pendant les sept années sous sa direction artistique, il porte sur scène l'esprit révolutionnaire du 1968 et devient une référence dans le paysage théâtrale contemporain. La première mondiale du Roi Johann de Friedrich Dürrenmatt marque son premier succès bâlois. Sous la direction de Düggelin, six productions ont été invitées aux Rencontres de Berlin. À partir de 1975, il travaille comme metteur en scène indépendant.
Werner Düggelin a reçu de nombreuses distinctions. En 1987, la SST lui a décerné l’Anneau Hans Reinhart. Entres autres, en 1995 il a été honoré par le prix de la culture de la ville de Bâle et en 2010 sa mise en scène de Volpone de Ben Jonson est récompensée par le prix Nestroy de Vienne.
Son enthousiasme, son idéalisme, la clarté et la poésie de ses mises en scène, dans lesquelles les interprètes et non le concept de mise en scène étaient toujours au centre de l’attention, resteront inoubliables.